同治元年，御史硃潮请开畿辅水利，并以田地之治否，定府县考绩之殿最。命直隶总督文煜等将所辖境内山泉河梁淀湖及可开渠引水地方详查，并妥议章程。寻覆疏言：“有可举行之处，或碍于地界，或限于力量，或当掘井制车，或须抽沟筑圩，均设法催劝，推行尽利。”三年，江苏士民殷自芳等以“山阳、盐城境内市河、十字河、小市河蜿蜒百里，东注马家荡，沿河民田数千顷，旱则资其灌溉，潦则资其宣泄。自乾隆六年大挑以后，迄今百馀年，河淤田废，水旱均易成灾。垦请挑濬筑墟，引运河水入市河，以苏民困”。命两江总督、江苏巡抚覈办。
五年，御史王书瑞言，浙江水利，海塘而外，又有漊港。乌程有三十九氵娄，长兴有三十四漊。自逆匪窜扰后，泥沙堆积，漊口淤阻，请设法开濬。又言苏、松诸郡与杭、嘉、湖异派同归，湖州处上游之最要，苏、松等郡处下游之最要。上游阻塞，则害在湖州，下游阻塞，则害在苏、松，并害及杭、嘉、湖。请饬江苏一并勘治。从之。六年，濬清河张福口引河。八年，安徽巡抚吴坤修言，永城与宿州接壤之南股河，久经淤塞，下接灵壁，低洼如釜，早成巨浸，水无出路，拟查勘筹办。从之。
九年，濬白茆河道，改建近海石闸。江苏绅民请濬复淮水故道，命两江总督、江苏巡抚、漕运总督会筹。覆疏言：“挽淮归故，必先大濬淤黄河，以暢其入海之路，继开清口，以导其入黄，继堵成子河、张福口、高良涧三河，以杜旁泄。应分别缓急兴工，期以数年有效。”下部议，从之。是年内阁侍读学士锺佩贤亦以疏濬海港为请。于是浙抚杨昌濬言：“漊港年久淤塞，查明最要次要各工，分别估修，拟趁冬隙时，先将寺桥等九港及诸、沈二漊趕办，其馀各工及碧浪湖工程，次第筹画，应与吴江长桥及太湖出水各口同时修濬。”得旨允行。
十年，修龙洞旧渠，并开新渠以引泾水。江苏巡抚张之万请设水利局，兴修三吴水利。于是重修元和、吴县、吴江、震泽桥窦各工。最大者为吴淞江下游至新闸百四十丈，别以机器船疏之。凡太仓七浦河，昭文徐六泾河，常熟福山港河、常州河，武进孟渎、超瓢港，江阴黄田港、河道塘闸、徒阳河、丹徒口支河，丹阳小城河，镇江京口河，均以次分年疏导，几及十年，始克竣事。先是侯家林决口，河督乔松年以为时较晚，请来年冬举办。至是，巡抚丁宝桢言，此处决口不堵，必致浸淹曹、兗、济十馀州县，若再向东南奔注，则清津、里下河一带更形吃重，请亲往督工堵筑。诏奖勉之。
十二年，以直隶河患频仍，命总督李鸿章仿雍正间成法，筹修畿辅水利。旋议定直隶诸河，皆以淀池为宣蓄。西淀数百里河道，为民生一大关键，先堵赵村决口，筑磁河、潴龙河南堤，以御外水，挑濬卢僧、中亭两河，分减大清河水势，以免倒灌。并疏通赵王河道，将苟各庄以上巨堤及下口鹰嘴坝各建闸座。是年秋，直隶运河堤决，内阁学士宋晋请择修各河渠，以工代赈，从之。十三年，挑濬天津陈家沟至塌河淀边减河三千七百馀丈，又自塌河淀循金钟河故道斜趋入蓟运河，开新河万四千一百馀丈，俾通省河流分溜由北塘归海。石庄户决口，夺溜南趋，命宝桢速筹堵筑。旋以决口骤难施工，请在迤下之贾庄建坝堵合，即于南北岸普筑长堤。而北岸濮州之上游为开州，并饬直督合力筹办。
光绪元年，濬文安胜芳河，修菏泽贾庄南岸长堤及北岸金堤。二年，濬张家桥新旧泗河。三年，濬济宁夏镇迤南十字河。给事中夏献馨请修水利以裕民食，谕各督抚酌夺情形，悉心区画。四年，修补滨江黄柏山至樊口四十里老堤，并于樊口内建石闸。五年，修都江堰堤，灌县、温江、崇庆旧淹田地涸复八万二千馀亩。