琦善寻奏改章程二十八条，又奏罢稽查商上出入及训练番兵成例。故事，商上出入所有一切布施金银，均按季奏报。自琦善奏定后，而中国御藏之财权失。又驻藏大臣及兵丁俸饷，向由福康安在廓尔喀经费内拨交商上生息，以资公用。及琦善议改章程，将生息取销，一切由商务供给。迨后中国驻藏一切开支，藏人渐吝供给，而不知当日实有赀本发商生息，并非向商上分肥。总之，乾隆所定制度，荡然无存矣。
是年十二月，敕谕第十一辈达赖喇嘛曰：“咨尔达赖喇嘛。朕抚绥寰宇，敷锡兆民，期一道以同风，冀九垓之遍德。亦赖洪宣梵义，普结善缘，导引群生，同参胜果。其有能通上乘，继阐正宗，使诸部愚蒙悉资开悟者，宜加多楙奖，元沛宠封。兹以尔慧性深沉，经文谙习，既著灵踪於龆岁，益坚戒律以壮年。承袭以来，皈依者众。朕甚嘉之，故特依前辈达赖喇嘛例，封尔为大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇呾喇嘛达赖喇嘛，改受金册。尔尚振修黄教，主持乌斯，本利济以佑民，迓庥祥而护国。所有图伯特事务，其悉依例董率噶卜伦等，妥协商办，报明驻藏大臣转奏，俾图伯特阖境延釐，众生蒙福，弥勤启迪，用副绥怀。兹随册赍往金银、采币、玻磁器皿，尔其敬承，以光我国家亿万年无疆之休命。钦哉！”
二十六年十二月，琦善以披楞，即英人，请定界通商闻，诏耆英以守成约拒之。二十七年七月，耆英复以英、德使请於西藏指明旧界派员前往闻。谕驻藏大臣斌良密查，如无流弊，自应照旧奏准允行，倘心怀诡谲，即当据理駮饬。并谕海善派员往查，事寻中辍。
二十八年，赏公爵策旺顿柱宝石顶、双眼花翎。咸丰二年，达赖亲往布赉绷、色拉、噶勒丹及南海、琼科各寺院熬茶讲经，诏帮办大臣额勒亨额妥为照料。寻病殁，由驻藏大臣穆腾额奏驻藏守备童星魁前往护送。三年，达赖以发逆滋扰各省，虔诚念经，祷贼匪速灭，奉旨嘉奖。四年十月，理籓院议覆，淳龄奏达赖年已及岁，应宜任事。得旨：“达赖明年既已及岁，一切事务交伊掌管。所有赏给前辈之玉册、玉印，凡遇吉祥之事准其钤用，如常事仍用金印，以示广兴黄教至意。”五年正月，遵旨掌管政教事务。十二月，在布达拉圆寂，年十八。
十二辈阿旺罗布罗丹贝甲木参称嘉穆错，於咸丰六年在沃卡坝卓转世。八年正月，奏明在金奔巴瓶内掣定。九年七月，迎至布达拉坐床。赏达赖之父彭错策旺公爵。先是三年四月，廓尔喀商人与察木多番商索债起衅，聚众械斗，互有杀伤，经驻藏大臣穆腾额照夷例分别罚款完案。嗣因多收税米，阻挡商民，藉端与藏边失和，唐古特屡战不胜，宗喀、济咙、聂拉木等处均陷於贼。驻藏大臣赫特贺驰往后藏督办防剿事宜，命成都将军乐斌统汉土官兵继进。廓番闻大兵将至，惧，遣其噶箕来藏上表乞和，诏许罢兵。唐古特与廓尔喀议定约十条，唐古特每年给廓尔喀税课银二千两，廓尔喀将所占地方交还唐古特商上管理。同治元年，掌办商上事务埒徵呼图克图因减放布施，连同色拉寺与布赉绷、噶勒丹两寺，不胜，藏中僧俗公斥之，携印潜逃赴京。诏黜其名号，不准转世。命诺们汗汪曲结布协理商上事务。汪曲结布者，原系俗装，曾为噶卜伦，即俗所谓“沙扎噶隆”是也。因与埒徵忤，辞官削发为僧，至是复起用。乃创修拉萨城垣，自西而东，工未竣而殁，遂罢役。初，驻藏官兵自游击以下，均聚居扎什敦布营房。时驻藏大臣满庆以藏中屡不靖，命迁拉萨市，从此僦屋而居。扎什城之营房遂废。三年，噶勒丹池巴罗布藏青饶汪曲为达赖传授小戒。