策凌敦多布由中路自拒青海军，分遣其宰桑以兵三千六百拒南路。将军噶尔弼招抚里塘、巴塘番众，进至察木多，夺洛隆宗嘉玉桥之险。旋奉大将军檄，俟期并进。噶尔弼恐期久粮匮，用副将岳锺琪以番攻番计，招土司为前驰，集皮船渡河，直捣拉萨，降番兵七千。宣谕大小第巴及喇嘛，封达赖仓库，分兵塞险，扼贼饷道。而青海亦三败其中途劫营之贼，斩俘千计。额鲁特进退受敌，遂大溃，不敢归藏，由克庇雅北窜，崎岖冻馁，得还伊犁者不及半。
五十九年九月十五日，达赖至布达拉坐床，出阿旺伊什嘉穆错於禁所，发回京师废之，尽诛额鲁特喇嘛之助逆者。留蒙古、川、滇兵四千，命公策旺诺尔布总统戍藏，额驸阿宝、都统武格参赞军务。以藏遗臣空布之第巴阿尔布巴首向效顺，同大兵取藏，阿里之第巴康济鼐截击准噶尔回路，俱封贝子；隆布奈归附，授辅国公，理前藏务，颇罗鼐授扎萨克一等台吉，理后藏务，各授噶卜伦。於是里塘所属之上下牙色，巴塘所属之桑阿、坝林、卡石等番，次第归顺；郭罗克之吉宜卡、纳务、押六等寨先后剿抚矣。
雍正元年，召回允?等，撒驻藏防兵，设戍於察木多。二年，青海喇嘛助罗卜藏丹津之叛。青海诸寺喇嘛众各数千，群起骚动。章嘉胡图克图之呼毕勒罕拒战於郭隆寺，察汗诺们汗亦党贼助战。石门寺喇嘛阳称投顺，阴肆劫掠，夹木灿堪布将窜藏，年羹尧等讨平之。世宗谓“玷辱宗门，莫斯为甚”，乃收各寺明国师、禅师印，并定庙舍毋逾二百楹，众毋逾三百人。
五年七月，阿尔布巴、隆布奈、扎尔鼐恃与达赖姻，争贝子康济鼐之权，聚兵害之，欲投准噶尔。诏吏部尚书查朗阿率川、陕、滇兵万有五千进讨。未至，而台吉颇罗鼐率后藏及阿里兵九千，自潘玉口至喀巴，先遣兵千馀冲破喀木卡伦，与隆布奈兵交绥。夜，西藏斥堠俱归顺，颇罗鼐即率兵直抵拉萨。驻藏大臣马喇、僧格往布达拉护达赖，各寺喇嘛将阿尔布巴等擒献送马喇所。查朗阿至，诛首逆及其孥。诏以颇罗鼐为贝子，总藏事。赐犒兵银三万两。留大臣正副二人，领川、陕兵二千，分驻前后藏镇抚，是为大臣驻藏三年一代之始。收巴塘、里塘隶四川，设宣抚司治之；中甸、维西隶云南，设二?治之。
是年策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零立，请赴藏熬茶，又声言欲送还所虏拉藏汗二子。诏严兵备之，移达赖於里塘之惠远庙。八年，迁於泰宁，护以兵千。每年夏初，西藏官兵赴防北路腾格里海之隘，以备准夷，冬雪封山，撤兵。盖通准夷之路有三：其极西由叶尔羌至阿里，中隔大山，迂远易备；其东路之喀喇河又有青海蒙古隔之；中路之腾格里海逼近卫地，故防守尤要。并以颇罗鼐子珠尔默特策布登统阿里诸路兵，保唐古特，授为扎萨克一等台吉。追念康济鼐前勋，无嗣，以其兄噶锡鼐色布登喇布阵亡阿里，封其子噶锡巴纳木札勒色布腾为辅国公，寻授噶卜伦。达赖之父索诺木达尔扎亦为辅国公。晋颇罗鼐贝勒。十年，拉达克汗德忠纳木札纳奏：“臣理国事，尊释教，侦准噶尔情辄以告。”优诏答之。准噶尔请和，诏果亲王偕章嘉胡图克图送达赖由泰宁归藏，减戍藏兵四之三。章嘉胡图克图为达赖请巴塘、里塘还前藏，以其为达赖所降生，诸土司建寺安禅，制最宏丽也。诏以其地商税年银五千两赐之，地仍内属。