既都金陵，欲图河北，罗大纲曰：“欲图北必先定河南。大驾驻河南，军乃渡河，至皖、豫一出。否则先定南九省，无内顾忧，然后三路出师：一出湘、楚；一出汉中，疾趋咸阳；以徐、扬席卷山左，再出山右，会猎燕都。若悬军深入，犯险无后援，必败之道也。且既都金陵，宜多备战舰，精练水师，然后可战可守。若待粤之拖罟咸集长江，则运道梗矣。今宜先备木筏，堵截江面，以待战?监之成，犹可及也。”秀清方专政，不纳。乃遣伪丞相林凤祥、李开芳、罗大纲、曾立昌率众东下，秀全诏之曰：“师行间道，疾趋燕都，无贪攻城夺地糜时日。”大纲语人曰：“天下未定，乃欲安居此都，其能久乎？吾属无类矣！”
二月，林凤祥等陷镇江、扬州，令吴如孝等留守，分据浦口、瓜洲诸隘。向荣既复武昌，蹑寇而东，抵金陵，军孝陵卫，是谓江南大营。都统琦善亦以钦差大臣率直隶、陕西、黑龙江马步诸军军扬州城外，是谓江北大营。三月，向荣破通济门寇垒，袭占七桥甕，夺获锺山围，歼寇无算，遂移大营逼城而军。四月，漕运总督杨殿邦进攻扬州，毁城外木城土垒，东路寇悉避入城。琦善、胜保先后督攻，五战皆捷。凤祥留立昌踞扬城，驱妇女及所劫货财运回金陵；率三十六军北窜，分扰滁州，踞临淮关，陷凤阳府。其酋硃锡锟、黄益芸等别率悍党犯浦口，攻六合，知县温绍原率乡团拒之，夜火其营，寇遁回金陵。五月，大兵围扬州，杀敌逾万。胜保自扬州蹑其后，力攻凤阳，寇遁河南。
杨秀清遣伪丞相吉文元由浦口窜亳州，偕林凤祥陷永城，犯开封。省官兵击破之，又败之汜水。寇奔黄河渡口，溺死无算。杨秀清遣伪豫王胡以晃陷安庆，又遣伪丞相赖汉英、石祥祯攻九江、湖口，进围南昌。湖北按察使江忠源驰援江西，入城固守。凤祥等自汜水败退，犯郑州、荥阳。六月，围怀庆，以地道攻城，不克。镇江寇出城扑我军，战北固山下，伏寇纵火，七营皆被焚。邓绍良退守丹阳，都司刘廷锳等督潮勇驰援。寇退入城，复扰丹徒镇，刘廷锳复击退之。向荣檄总兵和春与刘廷锳扎徒阳运河之新丰镇，寇始不敢南窜，常州获安。寇之围怀庆也，立木栅为城，深沟高垒，我兵相持几至六旬。讷尔经额亲督诸将分五路攻垒，毁其木栅，毙敌酋吉文元。凤祥受重创，解围而遁，河北肃清。
八月，凤祥窜山西，陷平阳，直抵洪洞；窜直隶，踞临洺关，扰至深州。赖汉英等解南昌围，入湖北，踞田家镇之半壁山。九月，踞入楚要隘，水陆并进，陷黄州。其窜深州者，旁扰栾城。十月，窜天津，踞静海，屯独流、杨柳青诸镇。汉阳之寇，分股北窜：一陷孝感、黄陂诸县，一由应城犯德安府，为防兵所遏，合众退黄州。秦日纲等陷安徽桐城、舒城，侍郎吕贤基死之。舒城既失，贼遂径扑庐州，陷之。庐州者，安徽文武大吏之所侨寓以为省治者也。十一月，秀全以扬州、镇江攻围急，遣赖汉英等领江西众，纠合仪徽党援扬州；又令由安徽宁国湾沚进薄高淳湖，窥伺东坝，图解镇江之围，我军均击退之。寇复由三汊河进扑，死战不退。扬州寇曾立昌突出，与赖汉英同窜瓜洲。
上以寇扰长江，非立水师不能制其死命，乃命在籍侍郎曾国籓练乡勇、创水师讨寇。初，寇围南昌，城外寇垒仅文孝庙数座，官军屡攻不能克。郭嵩焘偶获谍讯之，则寇皆舟居，其垒则环三面筑墙而虚其后，专蔽舟楫而已。嵩焘因与江忠源议曰：“东南州县多阻水，江湖遇风，一日可数百里。官军率由陆路蹑寇，其势常不及。长江数千里之险独为敌有。且寇上犯以舟楫，而官军以营垒御之，求与一战而不可得，宜寇势之日昌也。”忠源即具疏请饬湖南北、四川仿广东拖罟船式，各造战舰数千，饬广东制备砲位以供战舰之用，并交曾国籓督带部署，奉旨允行。国籓遂治战船於衡湘，至是始成。共募水勇四千，分为十营；募陆勇五千，亦分十营。以塔齐布为军锋。国籓亲统大军发衡州，水陆夹江而下。