十六年，授河道总督。时河道久不治，归仁堤、王家营、邢家口、古沟、翟家坝等处先后溃溢，高家堰决三十馀处，淮水全入运河，黄水逆上至清水潭，浸淫四出。砀山以东两岸决口数十处，下河七州县淹为大泽，清口涸为陆地。辅到官，周度形势，博采舆论，为八疏同日上之：首议疏下流，自清江浦至云梯关，於河身两旁离水三丈，各挑引河一道，俟黄、淮下注，新旧河合为一，即以所挑土筑两岸大堤，南始白洋河，北始清河县，并东至云梯关。云梯关至海口百里，近海二十里，潮大土湿，不能施工；馀八十里亦宜量加疏濬，筑堤以束之，限二百日毕工，日用夫十二万三千有奇。次议治上流淤垫，洪泽湖下流自高家堰西至清口，为全淮会黄之所。当於小河两旁离水二十丈，各挑引河一道，分头冲洗。次议培修七里墩、武家墩、高家墩、高良涧至周桥闸临湖残缺堤岸，下筑坦坡，使水至平漫而上，顺缩而下，不至怒激崩冲。堤一尺、坦坡五尺，夯杵坚实，种草其上。次议塞黄、淮各处决口，例用埽，费钜且不耐久；求筑土御水之法，宜密下排椿，多加板缆，用蒲包裹土，麻绳缚而填之，费省而工固。次议闭通济闸坝，濬清口至清水潭运河二百三十里，以所挑之土倾东西两堤之外，西?是筑为坦坡，东堤加培坚厚，次议规画经费，都计需银二百十四万八千有奇。宜令直隶、江南、浙江、山东、江西、湖北各州县预徵康熙二十年钱粮十之一，约二百万。工成后，令淮、扬被水田亩纳三钱至一钱；运河经过，商货米豆石纳二分，他货物斤四分；并开武生纳监事例，如数补还。次议裁并冗员，明定职守，并严河工处分，讳决视讳盗；兼请调用官吏，工成，与原属河?官吏并得优叙。次议工竣后，设河兵守堤，里设兵六名至二名，都计五千八百六十名。疏入，下廷议，以方军兴，复举大工，役夫每日至十二万馀，召募扰民，应先择要修筑。上命辅熟筹。
十七年，辅疏言：“以驴运土，可减募夫之半；初拟二百日毕工，今改为四百日，又可减募夫之半。”河工故事，大堤谓之“遥堤”，堤内复为堤逼水，谓之“缕堤”，两堤间为横堤，谓之“格堤”。辅疏请就原估土方加筑缕堤，有馀量增格堤，南自白洋河，北自清河，上至徐州，视此兴筑。馀并如前议。疏入，复下廷议，允行。
上谕以治河大事，当动正项钱粮。辅疏言：“前议黄河两岸分筑遥、缕二?是，勘有旧堤贴近河身，拟作为缕堤，其外更筑遥堤。前议用驴运土，今议改车运。前议离堤三十丈内不许取土，今因宿迁、桃源等县人弱工多，改令二十丈外取土。前议河身两旁各挑引河一道，今以工费浩繁，除清河北岸浅工必须挑濬。馀俱用铁扫帚濬深河底。”下部议，从之。
是岁吴三桂死，上趣诸将帅进兵，辅欲节帑佐军，又以兴工后需费溢出原估，均颇改前议，先开清口引河四道，塞高家堰、王家冈、武家墩诸决口，筑堤束水。如所议施行。顾下流未大治，伏秋盛涨，水溢出堤上，复决砀山石将军庙、萧县九里沟。辅乃议设减水坝，於萧、砀、宿迁、桃源、清河诸县河南北两岸为坝十三，坝七洞，水盛藉以宣泄。辅复察清口淮、黄交会，黄涨侵灌运河，乃自新庄闸西南开新河至太平坝；又自文华寺开新河至七里闸，复折向西南，亦至太平坝；改以七里闸为运口，由武家墩烂泥浅转入黄河。运口距黄、淮交会处约十里，自此无淤垫之患。疏报，并议行。辅勘清水潭决口屡塞屡冲，乃弃深就浅，筑东西长堤二道，并挑新河八百四十丈，疏积水。山阳、高邮等七州县民田，至是皆出水可耕。
十八年，辅疏报，并请名新河曰永安河，报闻。翟家坝淮河决口成支河九道，辅饬淮扬道副使刘国靖等督堵塞，至是工竟，辅诣勘疏报，并言：“山阳、宝应、高邮、江都四州县潴水诸湖，逐渐涸出。臣今广为招垦，俾增赋足民，上下均利。”屯田之议自此起。
漕船自七里闸出口，行骆马湖达窑湾。夏秋盛涨，冬春水涸，重运多阻。辅议濬湖旁皁河故道，上接泇河通运。疏入，下廷议，上问诸臣意若何，左都御史魏象枢曰：“辅请大修黄河，上发帑二百五十一万，计一劳永逸。前奏堤坝已筑十之七，今又欲别开河道，所谓一劳永逸者安在？臣等虑漕运有阻，故议从其请。”上曰：“象枢言良是。河虽开，必上流浩瀚，方免淤滞。今雨少水涸，恐未必有济。即已成诸工，亦以旱易修，岂得恃为永固耶？”十九年五月，辅丁忧，命在任守制。秋，河复决，辅疏请处分，上趣辅修筑。二十年三月，辅疏言：“臣前请大修黄河，限三年水归故道。今限满，水未归故道，请处分。”下部议，当夺官，上命戴罪督修。