初，日本逐牡丹社番踞其地。旋有轮船二先后至，一迳往后山射藔港，一载兵二百、妇人十馀泊射藔港，携食物什具农器，及花果草木各种，分植龟潭、后湾，为久居计。窥我兵力不厚，仍肆要求。沈葆桢请派水师提督彭楚汉率师来台湾。日旋增兵驻风港。沈葆桢急饬营将王开俊由东港进驻枋藔，以戴德一营由凤山驻东港为后应。日人水野遵入猪朥索、高士佛诸社，又自后湾开道达龟山巅，其风港之营将分驻平埔为援应。因遣其通事彭城中平至琅軿，谒委员周有基，讯中国四处布兵何意。有基以巡察应之。葆桢照会日将，劝令回兵。时李鸿章亦深虑台地兵单。及沈葆桢请借拨洋枪队，即奏以提督唐定奎统军赴台湾助防。葆桢亦奏称：“澎湖为台、厦命脉所关，守备单弱，非大枝劲旅，仍无以壮民气而戢戎心。请催迅速前来，庶台、澎气脉藉以灵通，金、厦诸防亦资巩固。”奉旨俞允。潘霨又偕前署镇曾元福等赴凤山旧城募土勇，并励乡团。因亲履海口之打鼓山等处，踏勘要隘，建立兵栅，以待淮军分驻。
是月柳原前光入京先谒李鸿章，鸿章遣道员孙士达往答拜，属以到京后勿言兵费及请觐两事。日本又遣大久保利通入京。美领事毕德格复出任调停，说鸿章仍允照柳原原议三条，并加抚恤赔命。
初，日人刘穆斋在花莲港遭风，破船失银，称社番盗劫。沈葆桢命夏献纶集讯其地居人及船户，查无劫掠失银之事。惟日人欲从生番租地，给有洋银，番目来益不受而止，并缴出日本前给旗物。葆桢因奏言：“日本和约第三条，禁商民不准诱惑土人；第十四条，约沿海未经指定口岸，不准驶入；第二十七条，船只如到不准通商口岸私作买卖，准地方官查拿。今台后歧莱地方，中国所辖，并非通商口岸。此次前赴歧莱之成富清风等，携游历执照，勾引土番，均违和约。现已确查歧莱各社并无窃盗银物。其缴出旗、扇各件，当即发交苏松太道，转给驻沪日本领事收回，将游历执照追销。其违约妄为之处，应由彼国自行查办。并录民、番供结，咨呈总署，牒其外务省，转饬日本领事照章办理，以弭衅端。”从之。命速修安平砲台，及筹办铁甲船。续谕：“日本虽未启兵端，然日久相持，终非了局。现淮军续抵凤山，罗大春业抵苏澳、沪尾、鸡笼等口，调兵扼扎。”葆桢于是设防益严，日人乃谋撤兵。而西乡从道仍迁延不即退，欲牡丹社赔给兵费。
柳原前光既至京，先递照会有“台湾生番为无主野蛮，本不必问之中国”之语。先请觐见。总署责以：“台湾生番系中国地，不应称为‘无主野蛮’。迭次来京，并未与中国商明，何以捏称中国允许日本自行办理？”柳原前光答辩。久之，始议定三条，给抚恤银十万，再给修道建房费四十万两，定期撤兵付银，互换条约。于是大久保往琅軿，命领事福岛九成谒沈葆桢陈五事：一，请派人受代；一，请撤销两国大臣来往公文；一，请被害遗骸于收埋处建碑表墓，并许日人以后登岸扫祭；一，请以后台湾交涉事件，由中国官交厦门领事。葆桢以抚局已成，允之。惟于登岸扫祭一节，覆以须有领事官钤印执照，祭毕即归。遂各遣员交代。事讫，西乡从道率兵去。