前营水师，游击、守备各一人，千总二人，把总四人，外委千总二人，外委把总四人，水战兵八百人，守兵二百人，趕缯船十艘，双篷艍船十艘，每船各带脚船一艘。南汛驻胶州之头营子，游击一人，把总二人，外委千总、把总各一人，趕缯船四艘，双篷船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至江南交界之莺游山，东至荣成县马头嘴，与东汛会旗。东汛驻养鱼池，千总、把总各一人，外委千总、把总各一人，趕缯船四艘，双篷艍船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至马头嘴，与南汛会旗，北境巡哨至成山头，与北汛会旗。北汛驻登州府水城，中军守备、千总、把总各一人，外委把总二人，趕缯船四艘，双篷艍船四艘，共配战守兵四百人，南境巡哨至成山头，与东汛会旗，北境巡哨至隍城岛，与直隶水师、盛京水师分界。
江南水师，顺治初年，江苏松江等营，各有捕盗小快船四十艘，常州、镇江等营，各有一、二十艘不等。自康熙七年，查毁沿江海各营出海之船，其内河快船，亦从裁汰。嗣巡抚马祜、提督杨捷疏请苏、松、常、镇四府，各塘汛设水师巡船三百二十五艘，以靖水盗。雍正元年，江苏、浙江督抚会商，以太湖连跨二省，夙为盗薮，乃于湖滨各口，增设水师营汛巡船，分界巡防。其湖内各地，系二省交会者，令参将各率水师会同巡缉。五年，令京口八旗营仿天津水师之制，设京口水师营，分拨京口大小战船二十艘至江宁练习。其驻宁水师，凡满洲、蒙古兵千人，设协领四人，佐领、防御、骁骑校各十二人。是为江南水师之始。
镇守京口左右两路水师，设统兵官二人，分统左右营，各置沙船二十八艘，水艍船八艘，犁缯船八艘，舵椗手二百二十人，水手、匠役四百九十二人。康熙二十一年，改隶江南提督标下，分为中、左、右三营。三十六年，裁总兵官，设副将以下各官，每营设沙船二十三艘，唬船七艘，小巴船四艘，水手四百六十八人。自雍正二年后，迭有改拨，每营存唬船二艘，小巴唬船七艘，渡马浅船六艘。
江南提督水师标兵，顺治四年，始设参将以下各官，分为中、左、右、前、后五营及城守六营。中营唬船一艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。左营唬船三艘，巡船十五艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘。右营浦江游巡哨船四艘，改设哨船一艘，桨船一艘，二橹哨船一艘，巡船七艘。前营中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船二十二艘。后营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船八艘。
松江城守营唬船一艘，中号四橹哨船二艘，桨橹快哨船二艘，巡船一艘。
金山营巡船十三艘。
柘林营巡船四艘。
青村营巡船二艘，小哨船一艘。
南汇营大罟船二艘，小哨船四艘。
川沙营捕匪大罟船三艘，放大罟船三艘，大罟船二艘，小哨船二艘，小号二橹哨船二艘。
刘河营巡船八艘。
吴淞营沙船三艘，艍犁船四艘。
福山营沙船四艘，官渡船四艘，巡船十六艘，后改为福山镇标，设总兵以下各官。