光绪四年，裁去广东轮拖巡船水勇二千三百馀人。五年，以各省举办水师，奉天、直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东次第驻泊兵轮，编制水师，而沿海各省形势不同，操法未能一律，吴淞口为南北海疆適中之地，乃命江南提督李朝斌为外海兵轮统领，督率各省大小兵轮，定期在吴淞口会操。六年，以新置蚊砲船便利合用，续向外洋购置数十艘，募福建、广东沿海精壮之民为水师，分屯北洋各海口。七年，以奉天旅顺口原有旗营，艇船朽坏，弁兵疲弱，悉行裁汰，归陆师巡防，别以快砲防海。时丁汝昌由英国率战舰回国，为中国水军航外海之始，乃擢丁汝昌为水师提督。
八年，以江南形势，先海后江，朝议拟以长江水师提督驻吴淞口，狼山、福山、崇明三镇标隶之，以江南提督移驻淮、徐，改福建水师提督为闽浙水师提督。寻左宗棠、彭玉麟议覆，以海防不外战守二端，战宜厚集兵力，守宜因势设险，仍循旧制为宜。福建水师自裁兵加饷后，实存水师六千九百馀人，旗营水师三百馀人，各营拖罾、龙艚、快艇等大小战船实存四十艘，台湾、澎湖战船六艘，大小兵轮十艘，宜联合浙江省水师会操，官制则仍循其旧。
九年，以广东内河之肇庆河面县长六百馀里，仅有小巡船二十馀艘，不敷分布，九龙洋面水浅，大船难于行驶，乃于二处各增设浅水兵轮船。十年，试造尖底舢板船，分布海口。旋以船质弱小，罢之。十一年，彭玉麟以海防日亟，议设水师总统于吴淞，分设二镇：一驻直隶大沽，凡盛京、直隶、山东、江南各海口战船隶之；一驻福建厦门，凡浙江、福建、台湾、广东各海口战船隶之。两镇每年周巡海口，会哨于吴淞。是为南北洋水师建议之始。十二年，议裁减浙江沿海水师。旋浙抚刘秉璋以旧额战船二百五十馀艘，粤寇乱后，购造不及半数。光绪八年，裁水师船十三艘，停修旧船三艘，已符裁兵三成之数。惟巡洋之红单船十一艘，不在额设裁减之例。十四年，因台湾疆土日辟，改安平水师副将为台东陆路副将，改鹿港游击为安平水师游击，任新设地方镇守之职。十五年，以福建内河水师砲船旧额共九十八艘，频年裁撤，实存三十艘。每船配置水师六人，专任巡缉内洋。十六年，调拨福建海坛水师驻防福清县属，以靖海盗。十七年，于湖南选锋水师中、前、后、左、右营内，拨一千六百馀人，分防省城及岳州等处，拨长胜、毅安水师四百馀人，分防辰州、沅州、常德等处，拨澄湘水师三百馀人，分防衡州等处，以专责成。是年，因奉天辽河下游旧有巡船，上游则仅有陆队兼巡，未有水师。乃增置长龙砲船一艘，舢板船八艘，于练军内选拨弁勇，梭巡辽河上下及省南之洋河。
十九年，令提督黄翼升校阅长江提标五营，上江十三营，下江四营，定训诫之规，禁陆居，戒嗜好，勤练艺，屏虚文，不得蹈绿营之习，日久玩生。闽、浙疆臣会议，以浙江省有元凯、超武二兵轮，福建省有伏波、琛航、靖远三兵轮，与沿海水师协力缉捕。而浙省水师船自裁减后，仅存五十馀艘，闽省自马江战后，仅存艇船二十九艘，乃在宁波海口赁用红单等船八艘，酌拨弁兵，以靖海盗。二十四年，令江苏省之外海、内洋、里河、太湖四支水师，一律酌裁水勇。二十五年，以安徽省江防在下游者为东西梁山，建有砲堤砲台，在上游者为阑江矶前江口及省城之江心洲，咸有砲台，而缺乏水师，乃拨澄清营砲船二十五艘，及长江水师之芜湖、裕溪、大通、安庆、华阳各营，联络防守。又令长江五省督抚，各派将领，不分畛域，严密设防。二十六年，以奉天凤凰?沿海一带，素称盗薮，曾由北洋拨兵轮巡洋，其支港各处，宜屯泊水师，乃于大孤山、太平沟、沙河三口岸，各造兵船三艘，酌配水师巡缉。三十四年，因浙江杭、嘉、湖三府捕匪兵单，于原有水师中，抽练游击一队，驻嘉兴府，增练游击三队，分布嘉兴、湖州各河港，以游击小队驻杭州省城，赁用上海商人之小轮船十艘，曳带兵梭船巡水道，以期迅捷。在南洋船坞造浅水兵轮船四艘，配快砲八尊，江苏亦制浅水兵轮船四艘，协同内河水师，仿欧西各国章程，编为联队，以资防剿。此整治水师之概略也。