乌鲁木齐都统，副都统，各一人。初设安西提标绿旗五营。乾隆三十六年改满兵驻防，置参赞大臣二人。三十八年复置领队大臣二人，四十八年改置。协领六人。佐领、防御、骁骑校各二十有四人。吐鲁番领队大臣一人。乾隆二十四年，建城辟展，置办事大臣一人，以广安城为回城。四十二年改置。协领二人。佐领、防御、骁骑校各四人。所辖：回子四牛录、佐领、骁骑校各四人。巴里坤、古城领队大臣各一人。乾隆三十七年置参赞大臣、领队大臣各一人。后俱改领队大臣，徙一人驻古城。协领各二人。佐领、防御、骁骑校各八人。库尔喀喇乌苏领队大臣一人。初置侍卫，隶乌鲁木齐。乾隆三十七年改置。所属有管理粮饟官。又台站、屯政文武各员，由陕甘、伊犁、乌鲁木齐调充。哈密办事大臣，帮办大臣，各一人。乾隆二十九年置。所属有印房章京，笔帖式。同治初，遭回乱，各地相继沦陷，唯巴尔库勒旗营仅留孑遗。光绪八年，议改新疆行省，乌鲁木齐暨吐鲁番各官并奏裁之。十年，省库尔喀喇乌苏各官，改直隶?、州。明年，复省巴尔库勒领队大臣各官，迁旗营入古城，改置城守尉。
喀什噶尔参赞大臣，综理八城事务。帮办大臣，各一人。协理喀什噶尔、英吉沙尔事务。俱乾隆二十四年置……三十年徙参赞大臣驻乌什，改置办事大臣，其帮办大臣如故。五十三年复旧制。所属有印房、回务处、经牧处、粮饣襄局各司员，及笔帖式。英吉沙尔领队大臣一人。兼管卡伦。乾隆二十四年置总兵，三十一年改置。所属有笔帖式。叶尔羌办事大臣，帮办兼理粮饟事，各一人。乾隆二十四年置。二十六年置领队大臣二人，后省。所属有印房章京，回务章京，笔帖式。和阗办事大臣兼领队事一人。乾隆三十年置副都统一人。四十二年改置。所属有章京，笔帖式。阿克苏办事大臣一人。乾隆二十四年置。三十二年并隶乌什。四十四年复移乌什领队大臣驻。嘉庆二年，分为专城改置。所属有章京，笔帖式。乌什办事大臣一人。初置副都统。乾隆二十四年改置，三十年省，移喀什噶尔参赞、帮办各大臣来驻，并置领队大臣一人。四十四年移领队大臣驻阿克苏。五十二年，参赞、帮办各大臣还驻喀什噶尔，复旧制。所属有印房章京，管理粮饟官，笔帖式。库车办事大臣一人。乾隆二十四年置。所属有印房章京，粮饟章京，笔帖式。喀喇沙尔办事大臣一人。乾隆二十四年置。所属有印房章京，粮饟章京，回务章京，笔帖式。高宗底定回疆，分建八城，置办事、领队各大臣。时英吉沙尔隶喀什噶尔，和阗隶叶尔羌，阿克苏隶乌什。嘉庆二年始分立，以喀什噶尔参赞大臣综之。光绪十年，新疆建行省，俱改直隶?、州。