三年辛亥春正月庚子朔，以山海关外防疫，天寒道阻，谕陈夔龙、锡良安置各省工作人。丙午，冯煦奏察勘徐、淮灾状。己酉，免江苏长洲等四十州县田地银粮。庚戌，赈江苏高邮、宝应、清河、安东、山阳、阜宁等县水灾。甲寅，度支部上全国豫算章程。丙辰，释服。御史胡思敬劾宪政编查馆，言新官不可滥设，旧官不可尽裁；起草应用正人，颁行当采众议。下其章于政务处。庚申，调志锐为伊犁将军，广福为杭州将军。乙丑，除非刑。凡遣、流以下罪，毋用刑讯。法部奏上已革绥远城将军贻穀罪论死。诏改戍新疆效力赎罪。乙巳，命周树模会勘中俄边界。是月，直隶、山东民疫。
二月庚午朔，予故大学士、前湖南巡抚王文韶于湖南省城建祠。冯煦请濬睢河。民政部上编订户籍法。壬申，谕所司防疫，毋藉端骚扰，并命民政部、步军统领衙门、顺天府以保卫民生之意谕人民。乙亥，四川德格、春科、高日三土司改设流官，置边北道，登科府，德化、白玉二州，石渠、同普二县。定应遣新疆军台人犯改发巴、藏。丙子，免云南昆明等三州县被灾田地条粮银米。丁丑，免浙江仁和等三十州县，杭、严二卫，衢、严二所荒地钱粮漕米。戊寅，改陆军部、海军部大臣、副大臣为正都统、副都统，仍以廕昌、寿勋、载洵、谭学衡为之。英人占片马。癸未，命李家驹撰拟讲义轮班进呈。丙戌，裁驻藏帮办大臣，设左右参赞。丁亥，颁浙江惠兴女学堂“贞心毅力”扁额。己丑，外务部上勋章赠赏章程。命度支部右侍郎陈邦瑞、学部右侍郎李家驹、民政部左参议汪荣宝协纂宪法。以诚勋为广州将军，溥颋为热河都统。以贝子溥伦为农工商部尚书，世续为资政院总裁，李家驹副之，刘若曾为修订法律大臣。壬辰，禁洋商运盐入口。改设英属槟榔屿正领事官。
三月庚子，以刘锐恆为云南提督。裁稽察守卫处，置管理前锋、护军等营事务处，三旗护军仍隶内务府。陆军部奏，东三省测量局员焦滇贿卖秘密地图，诛之。辛丑，裁奉天承德、锦二县。壬寅，裁四川川北、重庆二镇总兵官。癸卯，颁尽忠节、守礼节、尚武勇、崇信义、敦朴素、重廉耻六条训谕军人。丁未，赏陆军各镇、协统制、统领等官何宗莲、李奎元等陆军副都统衔、协都统有差。戊申，吉林濬图们江航路通于海。己酉，命出使义国大臣吴宗濂充专使，贺义大利立国庆典。庚戌，革命党人以药弹击杀署广州将军孚琦。壬子，以萨镇冰为海军副都统。赵尔丰奏平三岩野番，改孔撒、麻书两土司，设流官。甲寅，授张鸣岐两广总督。乙卯，度支部尚书载泽与英美德法四国银行缔结借款契约。丙辰，赏伊犁将军志锐尚书衔，伊犁地方文武各官受节制。免浙江仁和等三十七州县并卫所田塘宣统二年银粮。戊午，以江、皖、豫灾，命冯煦会三省督抚筹春赈。己未，和兰开禁烟会于海牙，命出使德国大臣梁诚往与会。赈科布多札哈沁蒙古游牧灾。庚申，锡良以疾免，调赵尔巽为东三省总督，授钦差大臣，兼管三省将军事。加直隶热河道提法使衔。辛酉，命赵尔丰署四川总督，王人文为川滇边务大臣。予哀毁殉亲前浙江巡抚聂缉椝孝行宣付使馆。癸亥，汉儒赵岐、元儒刘因俱从祀文庙。华商创立大同学校于日本横滨，颁“育才广学”扁额。丁卯，革命党人黄兴率其党于广州焚总督衙署，击走之。