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“快龙，听得到吗？请你马上赶往岛，那里会有大事发生，拜托你了！”赶往岛的途中一辉利用额头的印记向快龙发送信息，不过不知道来不来得及……
而一辉连续用瞬移赶往岛的时候，位于岛研究所的大厅中超梦出现了。
“我一直想和人类一起生活下去，但是我失望了，人类是比小精灵低级的生物。如果让人类那样既弱小又过分的生物来支配这个世界的话，这个星球就会……完蛋！”超梦一出来就强势地震住了场的所有人。
……超梦完全一副我做主的样子，谈判很快就谈崩了。“以成为训练家为目标的人都会拥有初的小精灵，小火龙、杰尼龟、妙蛙种子。这些都是我做出来的他们进化型的复制品。”随着超梦的话地面上露出了三个圆圈，从中出来了喷火龙、妙娃花、水箭龟各一只。每一只的身上都有着一些奇异的花纹，而且不管是体型、眼神等等都非常好，可以预料这几只都非常强。接着一行人来到了一个决斗场地，这是初始的对决，也是超梦与人类之间的对决。
而这个时候一辉终于赶到了小智他们之前聚集的那个港口，岛已经遥遥望了。港口处有着一群警察救助海中的训练家，看样子这是那些渡海想要去岛而失败的人。
“不行吗？超梦岛上布置了结界，无法瞬移过去。既然这样！暴鲤龙，摆脱你了！”既然瞬移不行那就只能向他们一样渡海过去了，一辉跳上了暴鲤龙的颈部。
“那边的人，现不允许出海，快从暴鲤龙上下来，不然我要逮捕你了！”正指挥的君沙和波依佳当然也看到了一辉，谁让他的暴鲤龙太醒目了，想不注意都不行。现海面上到处是汹涌的巨浪，天空也不是闪过几道银蛇。所以……“暴鲤龙，潜到水里，向岛出发！”心急如焚的一辉直接无视了君沙和波依佳的警告，直接让暴鲤龙从海中前进了。一辉的这具身体很特殊，海中也可以呼吸，所以不必担心呼吸的问题。
“地球上投！”竞技场上，超梦冷漠的声音下小智的喷火龙被复制品喷火龙一下子砸了地上，倒了下去。到此为止小智他们与超梦的比赛结束了，结果――完败！“速度、力量都不足！”超梦拿出了三个黑色的有着一个眼睛的精灵球，一下子就把喷火龙、妙娃花、水箭龟三只抓走了。接着越来越多的精灵球出现，一只又一只的小精灵被超梦抓走，顺着一个洞口飞了进去。即使把小精灵收回了精灵球也无济于事，后连皮卡丘也被抓走了。
然后超梦打开了大门。不过旁边却传来了爆炸的声音，接着烟雾中走出了所以被抓走的小精灵的复制品，还有――小智和本体。暴怒的小智冲上前去一拳打向超梦，但是却被超梦弹飞了。正当小智即将撞上高塔的时候出现了一个气泡接住了他，接着――梦幻出现了！
当正牌遇上假冒，当本体遇上复制品……只有一个人可以存活下去，真正的永远只有一个，于是……战斗……开始了！