之后的人类与动物和小精灵们和谐相处着，经过一代代的传递人们的性格也越来越善良、单纯。科技也慢慢发展起来了，不过人们都只是空地上建筑，并没有破坏森林，而且科技的方向也改变了不少，因为有了小精灵所以几乎无污染，也只是使生活方便，并没有往武器那边开发。渐渐地人和小精灵的关系越来越好，神兽中的首领圣灵**给了人类小精灵球的制作方法，好让人类可以好地和小精灵生活。并且挑选其中善良，心地纯净的人组成了联盟，大陆的几个地方开办了神奇宝贝联盟大赛，通过比赛、训练等等加强神奇宝贝和人类感情。这几个比赛都是庄严的比赛，任何比赛上作弊的人都将都到严厉的惩罚。而这个时代也是神奇宝贝和人类和谐的时代，强大的小精灵和训练家比比皆是……
后来漫长的历史中大陆分裂了开来，形成了现的几块大陆。而随着时间的推移，部分人心中沉睡的恶魔开始觉醒，他们虐待神奇宝贝，把神奇宝贝当成奴隶。接着越来越多的人被影响，虽然他们不像那些人一样把神奇宝贝当成奴隶但也不像原来一样当做朋友、亲人。多地当成了工具，自己成名的工具。但是神奇宝贝漫长的历史中已经习惯了听人类的话，即使人类变得不喜爱他们也没有背叛主人的意思。当然，还是有很多人没有变的，他们仍旧喜爱小精灵，把它们当亲人、朋友，再加上联盟有着神兽的支持，任何心地不纯的人都进不了联盟，联盟的管理下虽然关系不如以前，但小精灵和人类还是相安无事。至于那些虐待小精灵的人，则是联盟的重点打击对象，一经抓到，决不轻饶。
又经过了很多年，那些邪恶的人联盟的打击下联合了起来，组成了一个个邪恶组织，和联盟对抗着。不过虽然那些训练家与小精灵的关系不如以前，但是大部分都是很厌恶这种组织的，因此他们过得并不好。于是邪恶势力开始往科技方面发展，各种武器相继被开发出来，越来越多的野生小精灵被捕获，虽然联盟倾全力打击，但收效甚微。后来联盟也开始研制针对性的科技，那些势力才有所收敛。但是他们已经收够了小精灵，开始往怎样增强小精灵力量方面研究，于是一波的战斗开始了。而这也是现世界上的情形。
傍晚，一辉终于到达了红莲岛。一个偏僻的地方上岸并收回暴鲤龙后，一辉前往小精灵中心与小莲她们汇合。到达小精灵中心后从乔伊小姐她那得知她们都后院。
“妙娃花，用飞叶快刀。”“胡地，精神光线。”一进后院，小莲与娜姿熟悉的声音就传到了一辉的耳中。院子中众女不是练习就是训练，看她们头上的汗水就知道已经训练很久了。一辉并没有进去，而是静静地看着，她们为什么这么刻苦训练一辉也猜得到几分。
“哟，没想到这里有这么多漂亮的小姐，怎么样，要不要跟我一起去看电影啊。”这个世界从来都不会缺少混蛋，特别是这么多美女聚一起，苍蝇怎么会少得了。但是结果嘛――“妙娃花，阳光烈焰。”“砰！”这个傻直接被轰飞了。跟着一辉这么久，众女的实力都是很强的。“啊，辉，你什么时候来的。”这个插曲也使得樱花她们发现了一辉。“来了有一会了，其实你们不用这样的。”“可是，我们不想再成为拖油瓶了。”‘说来说去，还是我的实力不行啊。’望着天边的夕阳，一辉心中感叹着……